Sau khi giáo sư ngành nhân chủng học Marshall Sahlins thuộc Đại học Chicago công bố một điều tra về tình trạng hoạt động của các Viện Khổng Tử tại giảng đường Mỹ vào tháng 10-2013, hơn 100 giảng viên của đại học này đã ký tên vào văn bản chính thức phản đối sự hiện diện của viện trong khuôn viên Đại học Chicago.

Đầu tháng 11 năm 2014, hai trường đại học tại Mỹ - Đại học Chicago và Đại học Pennsylvania - ra tuyên bố ngưng hợp tác và đóng cửa Viện Khổng Tử, cơ quan giảng dạy ngôn ngữ và văn hóa Trung Quốc. Trả lời phỏng vấn tờ The Wall Street Journal, ông Henry Reichman, phó chủ tịch Hiệp hội Giáo sư đại học Mỹ, cho biết: “Tôi tin rằng Chicago và Pennsylvania không phải là hai đại học duy nhất nhận ra rằng hợp tác với một viện như kiểu Viện Khổng Tử là hoàn toàn không đáng!”[16]

Tại Canada, đại học McMaster và Đại học Sherbrooke cũng đã chấm dứt hợp tác với Viện Khổng Tử. Trước đó trong tháng 12 năm 2013, Hiệp hội Giảng viên đại học Canada đã ra văn bản kêu gọi các trường đại học Canada hủy bỏ các hợp đồng hợp tác với Viện Khổng Tử.[16]

Đại học Stockholm, Thụy Điển cũng đóng cửa Viện Khổng Tử vào đầu năm 2015[17]